Historie poutního místa
Kostel nechal vystavět Jan Felix Chanovský-Krasilovský z Dlouhé Vsi v letech 1719-1722. Vysvěcen byl Janem Rudolfem hrabětem Šporkem dne 5. října 1723. Jistě nešlo o náhlé rozhodnutí. Na tak opuštěných místech byly stavěny svatyně proto, že místa již měla svou duchovní historii. Buď se tam někdo uzdravil nebo zachránil, nebo více věřících lidí tam rozpoznalo mimořádnou duchovní atmosféru a opakovaně se tam přicházeli modlit. Při vysvěcení kostela byli uvedeni na Makovou horu dva karmelitáni, kteří zde založili bratrstvo svatého škapulíře a přinesli milostnou sošku Panny Marie Škapulířové. Dnes najdeme na oltáři pouze její kopii, originál je uschován v depozitáři.
Po náhlé smrti Jana Felixe přišel kostel o potřebný přísun peněz. Řeholníci Makovou horu opustili a klášter, který zřejmě stál na místě bývalé fary, vyhořel (dodnes se ale s určitostí neví, jestli zde klášter opravdu stál, neboť neexistují jasné historické údaje; jisté je jen to, že jeho výstavba byla v plánu, stejně jako vybudování ambitů kolem kostela, na které už Chanovskému nezbyly peníze).
Teprve od roku 1836 zde byla vedena farní kronika, následující období je proto už dobře zmapováno. Ani po josefinských reformách, kdy bylo bratrstvo škapulíře zrušeno, neupadl kostel v zapomnění. Byla zde vybudována dnes už neexistující křížová cesta. V letech 1853-1865 zde pater Jan Šrámek škapulířové bratrstvo obnovil. Důležitým mezníkem byl rok 1886, kdy byla vydána brožura Popsání poutního chrámu Páně sv. Jana Křtitele a Matky Boží z hory Karmel, Královny sv. Škapulíře, na hoře Makové v Čechách. Farář František Panocha v ní sepsal kompletní historii kostela.
Začátkem 20. století na Makové hoře působili bratři Bosáčkovi, farář Vincent a malíř Josef. Druhý zmíněný byl blízkým spolupracovníkem Mikoláše Alše a zhotovil malbu v klenbě nad presbytářem. Z tohoto období se traduje historka o „čtyřnohém vodovodu“. Oslík, který nosil vodu na kopec, prý znal cestu nazpaměť, a tak chodil úplně sám. Dole vždy musel počkat, než mu někdo vodu nabere, a pak vyrazil s nákladem zpět. „Čtyřnohý vodovod“ je popsán a nafocen i ve farní kronice.
Významně zasáhla Makovou horu první světová válka, během níž byly z kostela odebrány zvony. Stejný osud mohl potkat i varhany, ty ale byly pro svoji historicko-uměleckou hodnotu ušetřeny. Po nástupu komunismu byly roku 1952 z Makové, stejně jako ze všech farních úřadů, odebrány matriky. Zápisy o kostele byly i nadále vedeny v obecní kronice, avšak jen velmi spoře. Za zmínku stojí vykácení mohutných starých akátů u kostela, které podle památkového úřadu narušovaly statiku stavby.
Během komunistické éry se stav chrámu neustále zhoršoval, ale teprve po sametové revoluci přišla hlavní rána. Kostelu na Makové hoře, jako mnoha jiným, se nevyhnuly krádeže. Za oběť padly mimo jiné i vyřezávané sochy mistra Mayera. Děravá střecha a opadávající omítka dokreslovaly obraz zkázy kdysi věhlasného poutního místa. Lešení obepínající kostel neposloužilo ani tak opravným pracím (reálně zde žádné neprobíhaly), jako spíše vandalům, kteří zde páchali svoje dílo. Vyhlídky Makové hory tak byly začátkem devadesátých let minulého století více než chmurné.
Rok 1993 předznamenal lepší časy. V rámci úpravy hranic diecézí převzalo farnosti Slivice, Milín i Makovou horu Biskupství českobudějovické. Do pohybu se dal kolotoč událostí a po opravách fasády, zavedení elektroinstalace, výměně oken a vsazení nových dveří byl kostel na Makové hoře opatřen i poplašným zařízením. Díky finančním prostředkům Českobudějovického biskupství, zčásti i díky obecním penězům, ale také díky vydatné pomoci místních, z nichž mnozí přiložili ruku k dílu, začal kostel znovu fungovat a mše se zde konaly každou neděli. S příchodem Františka Homoly, laického bratra řádu kapucínů, celé místo duchovně ožilo. Řeholník-poustevník během svého působení zde vytrvale sháněl finanční prostředky pro kostel, mimo jiné i prodejem léčivých bylin nasbíraných v okolí. Osamocený kostel v lese na kopci, pod jehož střechou přebýval poustevník, který se osobně všem návštěvníkům věnoval, se rázem stal turistickou atrakcí.
V roce 2000 byly vysvěceny dva nové zvony. Ty společně s nejmenším a nejstarším zvonem z roku 1719, který byl ušetřen za válečné poptávky po kovech, a s druhým zvonem z roku 1929 rozeznívají kostel dodnes. Poškozená socha Panny Marie Neposkvrněné sňatá ze střechy při generální opravě byla zrestaurována, požehnána a v roce 2002 umístěna zpět na vrchol chrámového průčelí. V červnu následujícího roku byla na hlavní oltář umístěna kopie sošky Panny Marie Škapulířové, její originál byl uložen z bezpečnostních důvodů do depozitáře.
I dnes je toto místo vyhledáváno poutníky i turisty, kteří se sem sjíždějí, aby obdivovali krásy barokní architektury i okolní přírody a došli míru duše zde na Makové hoře, kde se nebe dotýká země.